Erekcja parafii w Wojkowie miała miejsce na początku XV wieku. Z roku 1411 pochodzi wzmianka o pierwszym wojkowskim proboszczu Adamie: "Adamus plebanus de Woykow". Początkowo tutejszy kościół nosił wezwanie św. Tekli, potem zaś św. Małgorzaty. Na początku XVI wieku dochód parafii szacowano na 30 grzywien. Uposażenie proboszcza stanowiły dwa łany ornej ziemi, dwie łąki i trzy sadzawki. Włościanie płacili meszne (rodzaj daniny, w zamian za którą ksiądz zobowiązany był do osobistego odprawiania mszy) po groszu od rodziny. W tym też czasie przy kościele funkcjonowała szkoła parafialna. Kolejny kościół drewniany, również pw. św. Małgorzaty, ufundował w 1646 roku arcybiskup Maciej Łubieński. Budowla w 1756 roku została rozbudowana, a konsekrowano ją w roku 1762. Świątynia była wykonana z drewna modrzewiowego i stała w miejscu dzisiejszych parkingów przykościelnych. W roku 1908 ukończono budowę nowego neogotyckiego kościoła, który służy parafii wojkowskiej do dziś.

Początek XX w. był okresem dynamicznego rozwoju parafii. Konieczne stało się zbudowanie większej świątyni, bo XVII-wieczny kościółek pw. św. Małgorzaty stawał się zbyt ciasny. Około 1899 r. sporządzono plany nowego kościoła. Miał być wzniesiony w stylu neogotyckim i nosić wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP.

Budowę rozpoczął ks. Jacenty Jędrecki. Położono fundamenty i zgromadzono część potrzebnych materiałów. Prace przyspieszył pożar starego kościoła, co miało miejsce w roku 1905. Do 1908 r. wzniesiono korpus nowej świątyni; w tymże roku konsekrował ją biskup włocławski Stanisław Zdzitowiecki. Wieżę budowano aż do 1937 roku. Staraniem ks. prałata Wincentego Gmachowskiego zwieńczono ją strzelistym hełmem, nad którym wznosi się żelazny krzyż.

Jak na początek ubiegłego wieku, była to wielka inwestycja, bowiem kościół w Wojkowie jest bardzo okazały, pozwala odbywać procesje odpustowe wewnątrz budynku, np. w czasie niepogody.

Lata II wojny światowej były okresem zastoju w rozwoju parafii. Okupanci zamknęli kościół, a ówczesnego proboszcza, ks. Wincentego Gmachowskiego zesłali do obozu zagłady w Dachau, gdzie kapłan dokonał żywota. Parafianie w ukryciu uczestniczyli w życiu religijnym sąsiedniej parafii Charłupia Wielka.